Jan Sonntag verfügt über langjährige Erfahrung in vielfältigen Anwendungsfeldern der Musiktherapie, darunter Psychiatrie und Psychosomatik, Neurorehabilitation, Palliative Care, Geriatrie sowie Community-basierte Angebote.

Er konzentriert seine Arbeit als Therapeut, Forscher, Berater, Dozent und Autor schwerpunktmäßig im Bereich Demenz. Neben seiner Tätigkeit in mehreren Hamburger Pflegeeinrichtungen trug er in den 2000er Jahren  wesentlich zur Entwicklung der Musiktherapie für Menschen mit Demenz in Deutschland bei. Sein Atmosphärenkonzept findet international Beachtung in Forschung, Lehre und Praxis.

Als Mitinitiator der Bundesinitiative Musik & Demenz setzt er sich deutschlandweit für den Zugang zu Musik und Musiktherapie für Menschen mit Demenz ein. Im Vorstand der Deutschen Musiktherapeutischen Gesellschaft engagiert er sich für die berufsrechtliche Anerkennung der Musiktherapie.

Jan Sonntag praktiziert Musiktherapie mit unterschiedlichen Klientelgruppen, berät Personen und Institutionen und hält Vorträge zu einem breiten Spektrum musiktherapeutischer Themen. Im Rahmen seiner Professur an der MSH lehrt er Methoden, Geschichte und Ansätze der Musiktherapie und leitet künstlerische Projekte in sozialen und therapeutischen Feldern.